El segundo lugar lo ocupa el Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS) con 92; Gobierno del estado de Chiapas con 90; gobierno del estado de Oaxaca, 89, y 76 para el Gobierno del estado de Guerrero.
De acuerdo con su balance, las recomendaciones en estos casi cuatro quinquenios se han dirigido a 2 mil 337 autoridades, y son producto de la exhaustiva investigación de 110 mil 368 expedientes de queja que en ese periodo ha registrado y concluido.
En este periodo que va del 6 de junio de 1990 al 15 de diciembre de 2008, la CNDH ha emitido 65 Recomendaciones para el Gobierno de Puebla; 63 para el de Veracruz; 59 al Gobierno de Michoacán y 55 al del Estado de México. Para el de Morelos ha sido 49, mientras que para el de Jalisco, 45; al de Tabasco, 39; así como 37 para el Instituto de Seguridad y Servicios Sociales de los Trabajadores del Estado (ISSSTE).
Asimismo, 36 recomendaciones han sido tanto para el Gobierno de Chihuahua, como para el de Tamaulipas; 35 para el de Sinaloa y 34 para el de Guanajuato; 34 para la Procuraduría General de Justicia del Distrito Federal, 33 para el Gobierno de San Luis Potosí e igual número para el de Sonora y para la Secretaría de la Reforma Agraria.
También ha enviado 31 Recomendaciones al Gobierno de Baja California; 28 a la Procuraduría General de Justicia Militar, lo mismo que para el Instituto Nacional de Migración de la Secretaría de Gobernación; 27 a la Secretaría de Salud; 25 a la Secretaría de Educación Pública, mismo número para la Secretaría de Seguridad Pública Federal.
Para el Gobierno del estado de Coahuila, 24, lo mismo que para el de Nayarit, el de Nuevo León y para la Secretaría de la Defensa Nacional; se emitieron 23 recomendaciones para el gobierno de Durango, e igual número para el de Tlaxcala; 22 para el de Hidalgo; 21 para la Comisión Estatal de Derechos Humanos de Jalisco; 20 para el Gobierno del estado de Colima, y 18 para el de Yucatán.
Para la antigua Jefatura del Departamento del Distrito Federal (hoy Gobierno del Distrito Federal) se han emitido 17 recomendaciones, lo mismo que para el Gobierno del estado de Zacatecas, mientras que hubo 15 recomendaciones para la Secretaría de Comunicaciones y Transportes; 14 para la Comisión de Derechos Humanos del estado de Morelos y para el gobierno del estado de Quintana Roo.
En estos 18 años y medio, la CNDH ha emitido 12 recomendaciones al gobierno del estado de Querétaro, 11 al Gobierno del Distrito Federal; 10 más a la Subsecretaría de Protección Civil y de Prevención y Readaptación Social de la Secretaría de Gobernación, y mismo número para la Comisión de Derechos Humanos del Estado de Chiapas.
Nueve recomendaciones más para el gobierno del estado de Campeche; igual número para el Ayuntamiento de Chihuahua, Chihuahua, y para la Secretaría de Marina; 8 para la Comisión de Derechos Humanos del Estado de Guerrero, el Tribunal Superior de Justicia del estado de Veracruz y para los gobiernos de Baja California Sur y de Aguascalientes.
También envió 7 recomendaciones tanto para la Comisión para la Regularización de la Tenencia de la Tierra de la Secretaría de la Reforma Agraria, como para el Ayuntamiento de Monterrey, Nuevo León, y para el Congreso del estado de Guerrero.
Con 6 recomendaciones quedaron Petróleos Mexicanos, la Secretaría de Desarrollo Urbano y Ecología, Tribunal Superior de Justicia del Distrito Federal y las Comisión de Derechos Humanos del Distrito Federal y de Veracruz.
Cinco recomendaciones han sido para la Secretaría de Medio Ambiente, Recursos Naturales y Pesca, Jefe del Gobierno del Distrito Federal, Tribunal Superior de Justicia del estado de Chiapas, y para las Comisiones de Derechos Humanos de los estados de Colima, de Hidalgo y de Michoacán.
En el periodo de referencia este Organismo nacional también emitió 14 recomendaciones generales.