El presidente electo planteará ante el Congreso la creación de una Comisión Nacional Anticorrupción, que sustituiría a la Secretaría de la Función Pública. Dicha comisión, con carácter autónomo, tendría entre sus funciones castigar a funcionarios corruptos, incluyendo la cárcel.
Otra atribución de este órgano será solicitar al Ejecutivo el desafuero de funcionarios.
Dotar de estas capacidades a dicha Comisión implica la reforma de varios artículos constitucionales, de tal manera que además se emita una ley general sobre combate a la corrupción.
Por lo que toca a la transparencia, la propuesta de Peña Nieto también apunta a otorgarle autonomía a la Instituto Federal de Acceso a la Información Pública y Protección de Datos (Ifai), lo que le otorgaría la facultad de aplicar sanciones administrativas y económicas.